分子之心称，MMDesign在18个靶点、纳米抗体与大环肽两类模态共19个设计项目中，有18个获得实验确认的结合分子，项目成功率94.7%；六个GPCR靶点全部成功，最优亲和力均在纳摩尔级。相关数据来自公司发布的技术报告。
分子之心发布AI蛋白质从头设计平台MMDesign的技术报告。报告覆盖18个不同靶点、纳米抗体（VHH）和大环肽两类分子模态共19个设计项目，其中18个项目获得经实验确认的结合分子，项目成功率为94.7%。以上数据来自公司技术报告，报告已在Zenodo公开（https://zenodo.org/records/23321531）。
实测候选规模与命中情况
报告称，每个项目仅需测试9至50个候选分子，中位数为21个。全部453个受测候选中，139个获得确认结合，整体候选命中率为30.7%。94.7%衡量的是“一个项目能否找到至少一个结合分子”，30.7%衡量的是“受测候选中有多少真正命中”，两个指标口径不同。
15个项目至少拿到两个结合分子，占全部项目近八成。报告将这一流程描述为“生成-筛选-验证”：先在计算空间生成数万个候选，再经结构可靠性、序列天然性和基于统计物理的评估，压缩到进入湿实验的少量候选。
六个GPCR靶点全部命中
报告显示，MMDesign针对CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R、A2AR六个GPCR靶点开展从头设计，全部获得实验确认的结合分子。在报告所用BLI检测条件下，各靶点候选命中率介于12.1%至100%，六个靶点最优结合分子的亲和力均达纳摩尔级，GPR68最优KD低至12.1纳摩尔。
其中NK3R的30个受测候选全部确认结合，命中率100%；GPR68的11个候选中10个命中。报告还称，在Thera-SAbDab数据库（PL132）中查无已编目治疗性抗体先例的5个GPCR靶点上，89个受测设计中有53个获得结合，候选命中率59.6%。
跨轮次优化与跨模态复用
报告称，MMDesign对6个此前已有结合分子的靶点再进行一轮设计，其中5个在命中率、最佳亲和力或两者上获得进一步提升。以PDGFR为例，候选命中率由4.0%升至21.1%，最佳KD由150纳摩尔优化至37纳摩尔，对应约4倍亲和力提升。
在分子模态上，大环肽项目也获得结果：MDM2项目21个候选中有16个命中，命中率76.2%，最佳KD为13.7微摩尔；PD-L1项目28个候选中有11个命中，最佳KD为40.2微摩尔。报告据此称同一套工作流可复用于不同设计任务。
可开发性与序列新颖性
报告称，部分VHH-Fc候选在10毫升培养规模的CHO细胞表达实验中表现出良好的表达水平；许多纯化后的候选以非聚集的主峰组分为主，聚集迹象很少；受测候选子集对胰岛素和双链DNA两种替代抗原的非特异性反应也较低。
报告称生成过程不依赖从抗体序列数据库检索已知结合分子作为改造起点。与PDB、OAS及SAbDab等数据库比较显示，多个靶点的设计分子在抗原识别区域与已知抗体存在显著差异，部分分子的关键结合环区CDR3呈现新颖构象。
结构预测模型MMFold的基准数据
分子之心称，自研全原子结构预测模型MMFold是MMDesign背后的结构底座。在FoldBench抗体-抗原复合物结构预测基准的全部172个界面评测中，MMFold的Top-1高质量结构预测成功率为39.0%，AlphaFold 3对照结果为19.8%；Top-1整体成功率为70.9%，Top-5整体成功率为76.7%，其中高质量预测成功率为44.2%。
在160个共同界面子集上，MMFold的Top-1高质量成功率为39.4%，高于OpenDDE报告的33.0%与Protenix-v2报告的28.2%；Top-5高质量成功率为45.0%，整体成功率为78.8%。
公司对能力定位的表述
分子之心创始人许锦波表示，这次扩展评估的意义在于将一次性的设计成功，逐步转化为可重复、可扩展的研发能力；AI生物药研发的长期价值不只是单个模型的性能突破，更在于通过自主底层模型与生成、评估、实验验证的协同，让精准分子设计成为能够持续解决不同研发问题的技术基础设施。
公司同时列出其技术版图：多模态蛋白质基础大模型NewOrigin（达尔文）提供底层能力，MMDesign承担从头生成与候选优选，MMFold专注结构预测，QuantaMind进行动态模拟，MoleculeOS串联研发流程。上述定位与效果表述均出自公司技术报告。